Después del arribo de los primeros franciscanos a Quito, el 6 de diciembre de 1535, con Fray Jodoco Rique liderando al grupo, se establecieron en los terrenos que habrían sido ocupados por viviendas de antiguos habitantes del lugar. Posteriormente, el 25 de enero de 1536, los religiosos terminan de construir una capilla sencilla de techo de paja, que serviría temporalmente para la celebración de los santos oficios,  la misma, que los frailes la llamaron “Capilla de la Conversión de San Pablo”, ya que en esta fecha la Iglesia Católica celebra la conversión de este santo apóstol. Por tal razón, éste es el nombre “histórico” de este Convento e Iglesia, Convento de la Conversión de San Pablo, comúnmente conocido como Convento e Iglesia de San Francisco de Quito.

Como uno de los aportes más emblemáticos realizados desde este lugar, se debe citar el que tiene que ver con la fundación de la primera Escuela de Artes y Oficios que fue finalmente nombrada como “San Andrés”, en el año 1551. Aporte cultural fundamental, que le ha hecho merecedor de ser llamado al Convento Franciscano como “Cuna del Arte Quiteño”.  

Décadas más tarde, fueron construidas otras capillas que son trascendentes, tal es el caso, de la Capilla de San Buenaventura, también conocida como la de la “Veracruz de los Españoles”, sitio reservado para la misa de estos grupos de ciudadanos.  Junto a esta capilla, al extremo sur, se levantó otra, dedicada a la advocación de la “Virgen de los Dolores”, o también llamada “Veracruz de los Naturales”, capilla que posteriormente fue adoptada con el nombre de “Capilla de Cantuña”, en honor a uno de sus principales benefactores, quien fue, el indígena Francisco Cantuña, prodigioso maestro de la herrería en el Siglo XVII. 

Tendría que pasar algún tiempo, para dar inicio a la construcción del Templo Mayor junto con el claustro principal del convento, a mediados del siglo XVI, quedando terminado una primera etapa arquitectónica en el año de 1605. La construcción de las demás dependencias, claustros, despachos, celdas, huerta, y otras adecuaciones, se fue dando de manera progresiva, hasta finalizar su totalidad en 1650.

La construcción del convento máximo de los franciscanos de Quito duró un poco más de un siglo, por lo que es lógico prever, que fueron muchos los cambios y adaptaciones de estilo arquitectónico, así como también, de las ubicaciones de las distintas dependencias del convento.

El convento tuvo también su recoleta, que en este caso fue dedicada a San Diego de Alcalá, el 30 de enero de 1597.  Las recoletas sirvieron como casa de retiro y de formación dogmática y era común que estén alejadas de sus casas de origen. La recoleta franciscana en Quito se encuentra en el barrio popular de San Roque y funciona como un convento franciscano más, en calidad de Parroquia.

El Convento de San Francisco, actualmente ocupa una extensión aproximada de tres hectáreas y media de terreno, espacio que alberga uno de los más importantes centros religiosos del Ecuador. Este convento está constituido por la Iglesia Mayor; la Capilla de Cantuña; Capilla de San Buenaventura, conocida también como Capilla de San Carlos; capilla del Santísimo; Capilla de Villacís; además consta  de 6 claustros, un refectorio, la cervecería antigua, una  huerta, y los espacios destinados para el funcionamiento institucional de la Facultad “Cardenal Bernardino Echeverría”, la Unidad Educativa “San Andrés”, las emisoras “Jesús del Gran Poder” y “Francisco Stéreo”, y el Museo de Arte Religioso Colonial “Fray Pedro Gocial”. Comparten estos predios, las instituciones externas del Archivo Histórico de la Policía Nacional y el Monasterio de las Hermanas de la Caridad de San Vicente de Paúl con su escuela de “San Carlos”; constituyéndose así, este Convento Franciscano, en uno de los conventos más grandes e importantes de toda América.