En 1934, con los festejos del IV Centenario de la Fundación de Quito, en el Convento Máximo de San Francisco, se presentó, por primera vez, una exposición de obra de arte religiosa de la Comunidad Franciscana, en los espacios del Claustro Principal, exhibición que fue implementada por los frailes de esta comunidad franciscana en Quito.
Posteriormente, un hecho que abrió el camino para la concepción de un museo al interior del Convento, fue cuando, la Asamblea Nacional Constituyente del año 1945, formuló y expidió la Ley del Patronato Artístico. Gracias a esta ley, se devolvió a la Comunidad Franciscana los locales que eran ocupados, hasta ese entonces, por el Cuartel de la Guardia Civil, y se impuso la obligación de organizar, en dichos espacios, un “Museo de Arte Religioso”.
El texto de Ley, decretó la siguiente disposición: “Ordénese al Poder Ejecutivo, la devolución de la casa actualmente ocupada por el cuartel de Guardias Civiles a la Comunidad Religiosa de San Francisco de Asís. En ambos sitios se establecerán, bajo la dirección técnica de la Casa de la Cultura, museos y bibliotecas que funcionarán al cuidado de la respectiva Orden religiosa, con los cuadros, estatuas, libros y manuscritos pertenecientes a dichas comunidades religiosas, pero deberán permanecer abiertos al público según el horario que se formulará de acuerdo entre dichas comunidades y la Casa de la Cultura”. En 1950 se instala, de manera oficial, el Museo de arte religioso al interior del Convento Franciscano, el mismo que funcionó hasta 1983, fecha en que inicia una nueva intervención técnica en el llamado convenio “Ecuador-España”.
El convenio, implicó la intervención directa de los dos gobiernos para la formulación del proyecto, que fue gestionado por el Ministerio de Cultura y el Instituto Nacional de Patrimonio. El proyecto contempló la intervención de algunas áreas así como la recuperación de obras artísticas y la elaboración de un guión museográfico y museológico. Se realizó, por ejemplo, un importante trabajo en la restauración del artesonado mudéjar del coro y la intervención de más de 500 obras de arte. Se concluyó, además, con la rehabilitación integral de los jardines del Claustro Principal y del Claustro del Museo.
Para mayo de 1993, se entregó a la Comunidad Franciscana y al público en general, las primeras cuatro salas del Museo, ubicadas en la galería norte del Claustro Principal, y en octubre de 1995, dos salas y una galería adicional en la crujía occidental del Claustro del Museo, completándose aproximadamente 500 m2 de área visible, es decir seis salas de exposición y una galería.
Los últimos proyectos de intervención al rescate patrimonial del Museo, fueron propiciados por la iniciativa llamada “Plan de gestión para el conjunto conventual de San Francisco”, que fue regulada por la oficina de la UNESCO en Quito, en concordancia con la Orden Franciscana del Ecuador, algunas instituciones nacionales de carácter cultural y turístico, y con el aporte fiduciario de fondos italianos para el Patrimonio Mundial. Posteriormente, se sumó la participación del Municipio del Distrito Metropolitano, con la donación de una parte de fondos recaudados por el Patronato San José, obra que fue entregada en el año 2018. Como resultado de esta unión, el Museo se vio beneficiado con la adecuación de la Cervecería Antigua del Convento, así como de la entrega de nuevos espacios para las áreas administrativas junto a la crujía norte del segundo claustro. Otra obra fundamental, fue la recuperación de la pila de mármol, del Claustro Principal.
En el mes de agosto del año 2001, en el Capítulo Local de la Comunidad Franciscana se decidió, llamar al museo de arte religioso, con el nombre de “Museo Franciscano Fray Pedro Gocial”, en honor al hermano lego Pedro Gocial, comúnmente conocido como “Fray Pedro Pintor” en las Actas del Cabildo Municipal de Quito. Pedro Gocial fue el primer franciscano flamenco maestro de pintura que tuvo Quito, es el iniciador y guía del innumerable grupo de pintores y artistas que florecieron en la Real Audiencia del s.XVI. En la Escuela de Artes “San Andrés”, enseñó la técnica pictórica, esto se conoce gracias al testimonio del dominico Fray Reginaldo de Lizárraga quien lo conoció en Quito en el año de 1560.
Los directores históricos del Museo son: Hno. Manuel García; Padre Jhon Castro; Padre Walter Verdezoto; Padre Julio Pozo Almeida; Hno. Victor Hugo Pupiales;
Director actual: Hno. Manuel García Verdugo.